本学会は平成10年に故大島研三理事長（日本大学名誉教授）のご尽力によって設立され、同年9月19日に全共連ビル（東京）にて、故葛谷文男会長（名古屋大学名誉教授）のもとに、第1回日本臨床腸内微生物学会が開催され発足いたしました。
当時より、特別講演、教育講演およびシンポジウムを主体とした発表形式で経過してきております。以来、第12回学会（平成21年）にいたるまでに非常に多くの研究発表がなされました。発癌・老化・栄養・炎症性腸疾患・腸管感染・免疫等に関連する諸問題について、多く討論され、さらに基礎的分野での分子生物学的手法が発達するに従い、微生物分類のみならず、疾患の予防・診断・治療等におよぶ研究が盛んとなってきております。
本学会が今後とも腸内微生物の臨床的意義をより一層深く、広く究明するうえに役立つことを期待しております。